Rahaston työtä johtaa hallitus, jossa on kuusi jäsentä, kolme Ruotsista ja kolme Suomesta. Maiden kulttuuriministeriöt nimittävät rahaston hallituksen. Edustajat valitaan kolmeksi vuodeksi kerrallaan ja jokaiselle edustajalle valitaan henkilökohtainen varajäsen. Suomen ja Ruotsin hallitukset valitsevat myös yhden edustajan molemmista maista puheenjohtajaksi. Puheenjohtajuus vaihtuu maiden välillä vuosittain.

Vuonna 2018 rahaston puheenjohtajana toimii entinen maaherra Chris Heister (Ruotsi) ja varapuheen-johtajana ministeri Jan-Erik Enestam  (Suomi).