Rahaston työtä johtaa hallitus, jossa on kuusi jäsentä, kolme Ruotsista ja kolme Suomesta. Maiden kulttuuriministeriöt nimittävät rahaston hallituksen. Edustajat valitaan kolmeksi vuodeksi kerrallaan ja jokaiselle edustajalle valitaan henkilökohtainen varajäsen. Suomen ja Ruotsin hallitukset valitsevat myös yhden edustajan molemmista maista puheenjohtajaksi. Puheenjohtajuus vaihtuu maiden välillä vuosittain.

Vuonna 2020 rahaston puheenjohtajana toimii  entinen maaherra Chris Heister (Ruotsi) ja  varapuheenjohtajana ministeri Jan-Erik Enestam (Suomi).