Rahaston työtä johtaa hallitus, jossa on kuusi jäsentä, kolme Ruotsista ja kolme Suomesta. Maiden kulttuuriministeriöt nimittävät rahaston hallituksen. Edustajat valitaan kolmeksi vuodeksi kerrallaan ja jokaiselle edustajalle valitaan henkilökohtainen varajäsen. Suomen ja Ruotsin hallitukset valitsevat myös yhden edustajan molemmista maista puheenjohtajaksi. Puheenjohtajuus vaihtuu maiden välillä vuosittain.

Vuonna 2019 rahaston puheenjohtajana toimii ministeri Jan-Erik Enestam (Suomi) ja varapuheen-johtajana entinen maaherra Chris Heister (Ruotsi).